段祺瑞组阁后不久，他接到梁启超一封信，略云
“今日之有公，犹辛亥之有项城。清室不让，虽项城不能解辛亥之危；项城不退，虽公不能挽今日之局。”
然而段是袁一手提拔起来的人，对此，他虽然有同样认识，可正如他自己所说的，对袁是“受恩深重”。他是个十足的旧中人，由他自己出面倒袁是万万不可以的，他只能是等待护来打倒袁，然后自己以北洋军系领袖的身份来收拾乱局。
袁世凯其实是打心底不想用段祺瑞，只是没有别的选择。正如，当初清廷不管怎样的不想用他而又不能不用他一样。但是，袁世凯比不上清廷，清廷可以全权托于他，他却不能全权托于段祺瑞。
袁世凯和段祺瑞这二人，在这最后关头仍不能和谐共事，公开的冲突出在国务院秘书长人选上。
段祺瑞需要得力助手，十分想用徐树铮为国务院秘书长。但因为徐是袁最不欢喜的人，所以段怕当面和袁谈此事时弄僵了，便转托王士珍。
王士珍是个谁也不敢得罪，谁也不肯得罪的人。他当然也知道袁世凯特讨厌徐树铮，又不便对段推辞，就用起了敷衍地“拖”术，过了几天都没有下文。
段忍耐不住，就请张国淦代他向袁通融。
张国淦也很为难，但碍于段的面子，犹豫了再三，试探地对袁世凯说“总理想自己物色一个院秘书长。”
他的话刚出口，袁的脸色就沉了下来了，“他想用谁？用谁？”
张一看情形不妙，可是总统如此追问，只好勉强地说“想用徐又铮（徐的别号）以资熟手。”
袁的脸色更难看了，恨声地说“真是笑话，军人总理，军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀。”
但是，袁世凯生气归生气，深知此时不是闹气的时候，便又自己转弯，平下脸色对张国淦说“你去告诉芝泉（段的别号），徐树铮是军事人材，就叫他再任陆军次长吧！”
他已打定主意，这个秘书长必须用他信得过的人。
张国淦是知道段曾托过王士珍的，这时王士珍也在坐。他偷眼望了望王，只见王脸上毫无表情，就好像完全什么也不知道，心里想王真有道行，不愧是“北洋三杰之龙”。
张国淦从袁处出来，立刻就去见段，他当然不能把袁那些难听的言语和难看的脸色告诉段，只把袁要徐树铮做陆军次长的话讲了出来。
他的话还没有讲完，就见段猛地把桌子一拍，随手把衔在嘴中的烟斗使劲地扔在地板上，脸色的难看超过了袁。
吼道“怎么，到了今天，还是一点都不肯放手吗！”
最后的结果，袁指定的王式通担任秘书长，不过折衷办法由徐树铮为帮办秘书，就是副秘书长。
段祺瑞这时才知道，在袁世凯这里，责任内阁不过是个虚名，自己堂堂内阁总理连国务院秘书长都不能派。
但是，段祺瑞还是想有所作为，大干一番,只是事与愿违。
他上台所办的第一件大事，是下令中国、交通两行停止兑付现金。
出这个主意的人是梁士诒，梁是民国初年财政巨头，交通系领袖。段、梁两人关系极好。段上台后，认为收拾袁的残局必先整顿财政，所以找梁请教。梁把当时财政内幕全盘托出，并将中国、交通两行实际情形亦告诉了段。