就在官军对陶克陶亥展开扫荡的同时，对马海峡，铁勒的太平洋舰队与扶桑的特混舰队，终于发生了遭遇战。
虽然铁勒情报机构的燕子，曾经传递了扶桑人可能于对马海峡设伏的情报，但是该情报员在情报送出后立即消失，被机构判定为逃脱。这一来，让她的情报可信性大为降低，而就海军而言，也不认为元气大伤后的扶桑舰队，还有胆量与集中了大批主力舰艇的铁勒舰队对决。
但事实证明，这些铁勒人错了。扶桑人不但敢于发动伏击，而且用了铁勒人没有想到的战术。
由活人驾驶的神风船，靠人肉导航的方式，主动靠近铁勒舰队。当其被炮弹击中之后产生的巨大爆炸，固然将驾驶人员炸的粉身碎骨，也让铁勒船只受到波及而被摧毁。
这些神风船都是由商船或大型鱼船改装而来，即使安装了火炮，也不是正规战舰的对手。但是这种人体爆破方式，却一下子打掉了铁勒海军的胆量。没人能确认，到底哪一艘是扶桑的自爆船，哪一艘又不是。
惊慌失措的铁勒海军本就因为长途航行而士气不振，等到被亡命船队攻击后，就彻底没了胆量。明明是弱势一方的舰队，竟主动向强者一方发动攻击，并且取得了辉煌的胜利。
日高壮之丞率领的特设舰队，靠着火船为先攻，将铁勒舰队打的落花流水，随后主力舰队杀出，纵横突击，势如破竹。铁勒军总司令在炮击中丧命，更导致了铁勒后续作战的混乱。
当对马海峡的战斗结束时，海面上到处漂浮着铁勒军舰的碎片，与铁勒的国旗。救生艇上的铁勒士兵无奈的向扶桑人举手投降，以换取援救。庞大的太平洋舰队已经成为历史，仅存数艘舰艇侥幸突围而出，却已经失去援助旅顺的能力，转而逃窜向大员方向。
扶桑方面，虽然经过紧急修理的舰队，再次损失惨重，四分之一以上的舰艇沉没，剩余舰艇中，有一半军舰失去抢修意义。特设军舰几乎全灭，所余无几。但是日高壮之丞终于笑到了最后，这位扶桑海军的猛将，以其骁勇善战的作风，和大胆的战术取得了辉煌的胜利。经此一败，铁勒已经失去组建舰队来援的力量，整个远东地区的海上交通线，完全为扶桑军所掌握。
经此一战，海面上的局势已经明朗，而之前被称为“铁探”的日高喜之丞则咸鱼翻身，靠此战的威名，被称为扶桑军神。战前任命东乡平八郎担任海军总司令时，理由为其运气好，今日始知，运气好者另有其人。
受到海战鼓舞的扶桑陆军，也开始了更加疯狂的进攻，当然，这也与国内严重的经济压力有关。
如果不能尽快的取得胜利，扶桑的经济，也将彻底崩溃。铁勒人虽然还拥有着兵力优势，以及坚固的堡垒和要塞，但是，他们已经失去了补给。更重要的是，他们失去了信心。
海战的溃败，使得铁勒人残存的兵舰不敢出港，只停在港内，不战自废。陆地战场上，低迷的士气，遥遥无期的补给，使得部队厌战情绪高昂。由于弹药运输不能及时，加上积欠军饷严重，士兵们对于作战变的越来越没激情。
为了挽回局面，硬着头皮出阵的库罗帕特，动用了手里所有的力量，在黑沟台，向扶桑军展开了进攻。炮击、排枪、白刃。铁勒人用了所有的办法，乃至于师一级的刺刀战已经变的习以为常。进攻方和防守方都打出了火气，扶桑方面，也以师团级的白兵战还以颜色。在广阔战场上，两国的士兵互相追逐，拼尽全力将对方致于死地。
一度，铁勒人在左翼占据了优势，但是明显缺乏决断的总司令，却让这个机会从手边滑走。当太阳再次升起时，铁勒军只能绝望的退出阵地。看着堆满自己战友尸体的阵地，即使是号称灰色牲口的铁勒士兵，也不由发出了怒吼“我们的奋战，到底有什么意义？如果一开始就不想赢，那为什么还要我们来送死。”
双方加在一起，近二十万兵力的刺刀战，在后世战史上，留下了浓墨重彩的一页，后世许多战史研究者，在阅读这段战争时，都觉得热血沸腾，乃至于指点江山，就战场局势，或是双方将兵素质做出评断。但事实上，就当事人而言，这种慷慨壮烈的情怀，对他们毫无意义。
他们所面临的实际情形是，干硬的食物，生有寄生虫的馊水，以及散发着恶臭的绷带。伤兵在阵地上哭号得不到救治，想要脱离战场的士兵，甚至悄悄的自残，只希望躲到伤兵营里，而不用去战场上送命。但事实上，当他们自伤之后，却得到了一个令人绝望的消息，为了祖国，即使是伤残士兵，也不应放弃作战的义务，请你们战斗到底。
比起黑沟台战场，旅顺要塞却是真正的人间地狱。乃木希典不知疲倦的以****对抗枪弹，组织步兵发起一次接一次的集团冲锋，以至于“乃木希典式冲锋”成为此后步兵战术中一个专用名词。当要塞内终于发出投降命令，更换白旗时，阵地上，已经铺满了扶桑士兵的尸体，而没有多余的人力来掩埋他们。
负责收尸的人，已经被征用到了前线，也成为了尸体的一员。裹尸的白布告罄，死尸的处理变为随便找个盒子，装一节不知是谁的指骨回去，到后来，就连盒子都已经成了奢侈品，只能用死尸身上随便撕下来的布条包裹。
同行的阿尔比昂军事观察员，已经无法忍受这种场景而患上了严重的心理疾病，瑞恩斯坦则看的津津有味，食欲大开，为阿尔比昂同行视为野兽。
进攻方与防守方的心理状态都已经到了极限，如果不是要塞方面投降，很可能双方都要发疯。战后，第三军中多一半的士兵都患上了地雷恐惧症，乃至一听到地雷爆炸就会陷入无法控制的疯狂状态，起因就在于旅顺要塞之前，那令人毛骨悚然的地雷防线。
随着旅顺要塞的失守，奉天方面的铁勒军意识到大势已去，第三军可以对自己形成钳形攻势，奉天部队本身，也因为补给断绝，弹药匮乏等原因，失去了继续战斗的能力。
到了这一步，铁勒固然在远东损失过大，扶桑也没有力量继续这场战争，铁勒国内，反对皇帝的呼声越来越高，已经有人在筹划着军事政变。尼古拉二世到此时，也不敢再继续战斗下去，只能向居间调停的扬基总统表示，自己愿意接受谈判。